Vede, pur nella nota scarsità documentativa (sostanzialmente condaghi e carte reali), la Parte Valenza, curatoria a cui Mogorella apparteneva, viene citata con i suoi rappresentanti, la villa infatti era presente con il suo maiore di villa e i suoi quattro giurati nella Pax Sardiniae del 1388, stipulata tra Giovanni d'Aragona ed Eleonora giudicessa d'Arborea: Pedro Maratza, maiore de villa, seguono i giurati del paese Lusorio de Molargia, Gomita Corbu, Barisono de Agus, e Barisono de Corongiu.
Con la sconfitta dei giudici di Arborea da parte dei Catalani il destino di Mogorella sarà quello di molti paesi dell'isola che furono sottomessi al giogo feudale di numerosi signori provenienti prima dall'Aragona, poi dalla Spagna unita dal matrimonio dei Re Cattolici (1469). LUDOVICO PONTONS, gentiluomo di Barcellona, venne in Sardegna con Martino il Giovane, protagonista della battaglia di Sanluri (1409). Nominato nel 1417 governatore di Cagliari e Gallura, si adoperò per punire gli assassini dei De Ligia, approfittandone per ottenere in feudo fra gli altri villaggi anche Mogorella. Nel 1418 fu nominato viceré di Sardegna ed ebbe un forte contrasto col conte di Quirra. Nel 1421 vendette Mogorella ad Antonio Madello. Pietro Joffre, appartenente ad una famiglia di origine catalana presente a Cagliari dagli inizi del secolo XV, dopo la morte di Nicolò Boter ne aveva sposato la vedova, essendo morto Antonio Madello, nel luglio del 1429 acquistò dai suoi eredi nel 1435 la villa di Mogorella.
Nel 1470 Pietro Cardona, rampollo di una importante famiglia catalana, riceve l'investitura, fra le altre, per la villa di Mogorella, dal re Giovanni d'Aragona nella qualità di padre e amministratore dei beni di Caterina Paola, nata dal suo matrimonio con Caterina Joffre. Lo Joffre nel luglio del 1436 ottenne il privilegio della successione femminile e cedette il feudo a sua figlia Caterina moglie di Pietro Cardona. Dai due nacquero Paola e Isabella; nell'ottobre del 1486 Pietro Besalù, marito di Paola, vendette il feudo di Senis, di cui Mogorella sarebbe entrato a farne parte, a Bernardino Margens. Nell'ottobre del 1544 Senis passò a Francesca Margens moglie di Vincenzo Fogondo la quale, nell'agosto del 1569 lasciò erede suo figlio Monserrato la cui discendenza si estinse nel novembre del 1592.
Mogorella e tutti i paesi del feudo allora furono lasciati in eredità a Elena Fogondo che dovette sostenere una lite col fisco per entrarne in possesso. Nel corso del secolo XVII il carico dei tributi feudali fu aumentato e l'amministrazione spesso venne data in appalto a terzi. Nel 1699 i Nin ottennero il titolo di Conte del Castillo; nel corso del secolo XVIII tentarono senza successo, di impiantarvi la coltivazione del cotone e del gelso e di avviare il popolamento del villaggio di Sant'Antonio. Iniziata la procedura per il riscatto dei feudi, la Regia Delegazione riconobbe ai Nin, con sentenza del 10 ottobre 1838, diritti feudali per lire 597.
Il 30 agosto del 1841 fu riscattato con una rendita di lire 1295 e Mogorella tornò ad essere una libera comunità.
